Năm 189, Hán Linh Đế mất, con là Hán Thiếu Đế lên thay. Đổng Trác vào triều cầm quyền, phế Thiếu Đế lập Hiến Đế. Để thu phục nhân tâm, Đổng Trác cho gọi Thái Ung về kinh phong chức. Thái Ung bị hại nhiều lần trên quan trường nên dâng sớ cáo ốm. Đổng Trác nổi giận hạ lệnh sẽ tru di cả họ Thái Ung, ép ông phải trở về. Thái Ung bèn trở về Lạc Dương.

Đổng Trác rất quý trọng Thái Ung, chỉ trong 3 ngày đã phong ông làm các chức Tế tửu, Thị ngự sử, Thượng thư, rồi Thị trung.

Sang năm 190, chư hầu do Viên Thiệu cầm đầu nổi lên thảo phạt Đổng Trác vì tội giết vua Thiếu Đế. Cùng lúc, thủ hạ của Đổng Trác muốn tôn Trác làm Thượng phụ. Đổng Trác bèn hỏi Thái Ung. Ông khuyên Đổng Trác chưa nên xưng hiệu vì thiên hạ đang rối ren không phục. Đổng Trác nghe theo ông.

Thái Ung biết Đổng Trác trọng dụng ông, nhưng họ Đổng tàn bạo chuyên quyền, mất lòng người, ông sẽ bị liên lụy khi Đổng Trác diệt vong[6]. Vì vậy ông định bỏ trốn đến Ký châu. Nhưng em ông là Thái Cốc khuyên rằng ông có tướng mạo khác thường, rất dễ bị nhận diện. Vì vậy Thái Ung bèn thôi ý định bỏ trốn.

Đổng Trác bị chư hầu đánh bại phải mang triều đình bỏ chạy về Tràng An. Năm 192, Đổng Trác bị tư đồ Vương Doãn và tướng Lã Bố giết chết.

Mọi người đều hả hê vì cái chết của Đổng Trác, riêng Thái Ung lại tỏ ra buồn bã. Tư đồ Vương Doãn bèn sai bắt Thái Ung trị tội. Thái úy Mã Nhật Đê thấy vậy vội nói với Vương Doãn rằng Thái Ung là người có tư cách và tài năng, nên để ông sống để viết nốt sử nhà Hán. Nhưng Vương Doãn không đồng tình, dẫn gương Tư Mã Thiên viết Sử ký phỉ báng triều đình, vì vậy quyết không tha cho Thái Ung.

Ít lâu sau Thái Ung qua đời trong ngục. Ông là người sinh cùng năm và mất cùng năm với Đổng Trác, lúc đó 61 tuổi.

Một người học trò của ông là Cố Ung về sau trở thành thừa tướng nước Đông Ngô thời Tam Quốc.